In 1795 het ’n burgerrebellie in Graaff-Reinet uitgebreek, wat gewentel het om ’n botsing tussen die skaapboere van die Sneeuberg, wat wou hê dat die distrik die San moes bestry, en die beesboere van die oostelike en suidoostelike wyke (Bruintjieshoogte en Zuurveld) wat wou hê dat die Xhosa oor die grens verdryf en hul gesteelde vee herwin moet word. May nier het die rugsteun van al die heemrade en burgeroffisiere gehad en besluit om nie ’n kommando teen die Xhosa te stuur nie, want die bedreiging van die San was gevaarliker as ooit.
In Februarie 1795 het ’n groep gewapende burgers uit die suidooste by die drosdy aangekom en Maynier beveel om te trap. Enkele van die heemrade en burgermagoffisiere het beweer hulle tree namens die “volkstem” op, en het die administrasie oorgeneem. Hulle het die driekleur-kokarde van die Franse Revolusie gedra, die distriksbestuur ’n “Nasionale Konvensie” genoem, en geweier om belasting aan die Kompanjie te betaal of sy wette te gehoorsaam.
In Swellendam het ’n groep van 60 burgers wat hulself “Nasionale” genoem het, die land dros in Junie 1795 afgesit. Dié was saam met Maynier aan die hoof van die onsuksesvolle 1793-kommando. Die rebelle het hul eie “Nasionale” landdros aangestel, asook ’n nuwe be stuursliggaam, wat ook ’n “Nasionale Konvensie” genoem is, hulle teen belastings en inflasie verset, en gevra dat die inboekstelsel na Khoi-Khoi-kinders uitgebrei word, asook vir die reg om San-gevangenes as eiendom te besit, wat sou beteken dat hulle soos slawe gekoop en verkoop kon word. Die Swellendamse rebellie het egter gou tot ’n einde gekom.
Die rebelle se staatkundige opvattings was vaag. Hulle het nie republieke uitgeroep, soos dikwels beweer word nie, maar wou eerder hê hul distrikte moet reg streeks onder die nuwe republiek in Nederland val. Nederland was egter ver weg, en niemand kon aan ’n meganisme dink om regstreeks met die republikeinse regering in Den Haag kontak te maak nie. Ná September 1795, toe die Britte beheer van die Kaap oorgeneem het, was alles egter nie meer ter sake nie. Die Swellendamse rebelle het die aftog geblaas.
Die Graaff-Reinetse rebelle het maar ’n skyn van mag gehad. Ná die 1795-opstand het die Kaapse regering die Graaff-Reinetse burgers se ammunisievoorraad afgesny. Tydens ’n vergadering in Augustus 1796 het die noordelike en westelike wyke besluit om Britse gesag te aanvaar. Vroeg in 1797 het die rebelle aan die oosfront oorgegee.
In Nederland het die Kompanjie oplaas in 1798 onder sy skuldlas in duie gestort. Die Bataafse Republiek het die taak om sy besittings te regeer, op die Raad vir Asiese Besittings oorgedra. Kort ná die ondertekening van die Vrede van Amiens in 1802 het die Raad twee vername beamptes, J.W. Janssens en J.A. de Mist, gestuur om beheer oor die administrasie aan die Kaap te neem. Die Kaap was nou onder die regstreekse beheer van die Nederlandse regering. Oorlog het egter gou weer in Europa uitgebreek, en in 1806 het Brittanje die Kaap weereens verower. Dit sou meer as ’n eeu lank ’n Britse kolonie wees.
