Toe Shepstone in Januarie 1877 in Pretoria aankom, het hy die ZAR-burgers oorgehaal om goedkeuring te gee vir die anneksasie van die republiek as deel van ’n plan om ’n Suid-Afrikaanse federasie te bewerkstellig. Hy het later geskryf dat van die 3 000 mense wat hy gewerf het voordat hy die republiek op 12 April 1877 geannekseer het, Paul Kruger die enigste een was wat hierdie stap ondubbelsinnig verwerp het.
Kort ná die anneksasie het Kruger die leiding geneem om verset te organiseer. Omdat die burgers oënskynlik deur apatie en onverskilligheid verlam is, het Kruger twee maal as lid van ’n drieman-afvaardiging na Londen gegaan om die koloniale sekretaris te oorreed om ’n referendum toe te laat oor Shepstone se aanspraak dat die meerderheid van die
ZAR-burgers ten gunste van anneksasie was.
Die Boereweerstand het stadig toegeneem. Vroeg in Desember 1880 is massavergaderings by Paardekraal gehou. Op ’n vergadering op 11 Desember is die herstel van die republiek geproklameer. Dit was die begin van ’n gewapende rebellie. Die Britte was vol vertroue dat die rebelle spoedig ná die eerste skermutseling uitmekaar sou gaan. Maar die burgers was met Westley Richard-gewere gewapen wat op ’n afstand van 550 m dodelik was, en hulle was uitstekende skuts. Hulle het ’n Britse kolonne by Bronkhorstspruit die nekslag gegee, die res van die garnisoen in Pretoria en Potchefstroom beleër en die kolonne van sir George Pomeroy Colley aangeval wat met versterkings van Natal opgeruk het. Op 27 Februarie is hierdie mag by Majuba op die vlug gejaag.
Die nuwe ministerie in Londen onder William Gladstone het in die hele Suid-Afrika nie meer as 3 500 soldate tot sy beskikking gehad nie, en was glad nie geneë om ter wille van Carnarvon se gediskrediteerde federasieskema aan die ZAR vas te klou nie. Anneksasie sou nie slegs nutteloos gewees het om ’n federasie te verkry nie, maar ook antiimperialistiese gevoelens in Boeregemeenskappe oor die hele Suid-Afrika aangewakker het. Om aan die eise van die ZAR te voldoen en tog ’n mate van eer te red, het Brittanje die formule van ‘‘susereiniteit’’ aangegryp waarvolgens hy belangrike seggenskap in die ZAR se buitelandse beleid en ‘‘naturellesake’’ sou behou.
Die ZAR het in ’n veel beter toestand herrys. Die Britse administrateurs het die chaotiese finansies en gebrekkige administratiewe masjinerie getransformeer. ’n Afsonderlike departement van naturellesake het gesentraliseerde rigting aan plaaslike amptenare gegee oor hoe om belasting in te vorder en swart arbeid te verkry.
Paul Kruger is in 1883 tot president verkies. Hy het geglo dat slegs ’n republikeinse verbondenheid as teenvoeter kon dien vir Britse imperialisme en vir die Kaapse Afrikaners se aanvaarding van koloniale nasionalisme. In die ontwikkeling van sy republikeinse ideologie het hy die historiese skakels tussen die Voortrekkers se heldedade en die triomf van die rebellie beklemtoon, asook dié tussen die burgers se godsdienstige en politieke identiteit. Die herdenking van hierdie gebeurtenisse op die hooffees by Paardekraal was ’n grootse politieke én godsdienstige geleentheid.
Hoewel hy toenemend as leier gerespekteer is nadat hy president geword het, het Kruger in die eerste drie jaar gesukkel om die staat op te bou. Hy kon nie daarin slaag om die Kaapkolonie te oorreed om doeanebelasting op ZAR-goedere te verminder nie. Dit het die weg voorberei vir ’n langdurige konflik tussen hom en twee leidende Kaapse politici, Cecil John Rhodes en J.H. (Onze Jan) Hofmeyr. Rhodes het grootse ideale gekoester om die Britse invloed oor die hele Afrika uit te brei en Suid-Afrika onder die Britse vlag te verenig (sien Rhodes, Hofmeyer en Kruger), terwyl Hofmeyr in die eerste plek belang gestel het in die bevordering van die belange van die Kaap en van sy kiesers. Kruger het deur die republiek heen gereis en die burgers aangespoor. Daar sal beslis hulp kom, het hy gesê, en in 1886 het dit gekom met die ontdekking van die ryk goudriwwe aan die Witwatersrand.
Met ’n paar kwashale skilder die historikus C.W. de Kiewiet die impak van goud op die republiek se inkomste: ‘‘In 1884 was die Transvaal skaars solvent; drie jaar later, in 1887, het sy inkomste van £638 000 dié van Natal benader; nog twee jaar later was sy inkomste van £1 500 000 warm op die hakke van dié van die Kaap. Vir elke teensinnige pond wat die ZAR in 1883 gehad het om uit te gee, het dit £25 gehad.’’
