In baie opsigte het die Mbeki-presidensie reeds in 1994 begin, want onder Mandela het hy feitlik oor die magte van ’n eerste minister beskik. In dié hoedanigheid het Mbeki die mag probeer sentraliseer, ’n markgegronde ekonomiese beleid deurgedruk en oor die herstrukturering van die onderwys toesig gehou. In sy termyn as president was daar ook ’n daadwerklike poging om die staatsdiens en bestuursvlakke van semistaatsinstellings te Afrikaniseer.
Thabo Mbeki het ná die 1999-verkiesing president geword. In dié verkiesing het die ANC 66,4% van die stemme gelok, die Demokratiese Party 9,6%, die Nuwe Nasionale Party (NNP) 6,9% en die IVP 8,6%. Teen 2001 het Mbeki gereeld in peilings 20% minder steun as die ANC gekry, maar ná sterk uitbreiding van maatskaplike toelaes vir armes het hy herstel. Die opposisie is verswak toe ’n groot deel van die NNP ná wysigings aan die oorloopklousule by die ANC kon aansluit sonder om hul setels te verloor. Dit het gebeur toe ’n ongelukkige huwelik met die DP, waaruit die Demokratiese Alliansie (DA) ontstaan het, verbrokkel het. In die 2005-verkiesing het die ANC 69,7% van die stemme gelok, die DA 12,3% en die IVP 7%.
In dié tyd is die wêreld oorheers deur die Washington-konsensus, met die klem op groei onder aansporing van die private sektor, en met monetêre en fiskale dissipline. Mbeki se hoogs aangeskrewe prestasie was die instelling van ekonomiese beleid wat inflasie hokgeslaan, staatsbesteding streng aan bande gelê en handelsliberalisering bevorder het. Die ekonomie het gevolglik gegroei teen ’n koers wat 30 jaar tevore laas ervaar is. Mbeki het twee belangrike Afrika-inisiatiewe ingestel, naamlik die New Partnership for Africa’s Development (Nepad) en die vervanging van die Organisasie vir Afrika-eenheid deur die Afrika-unie (AU).
Albei was gans te ambisieus. Die AU het vir homself die onmoontlike langtermyndoelwitte van ’n enkele geldeenheid en leër vir die vasteland gestel. Op kort termyn was Nepad afhanklik van grootskaalse kapitaalinvloei van die Eerste Wêreld na Afrika. Hiervoor sou Afrikastate korrupsie en ander euwels moes hokslaan. ’n Gebrek aan toewyding deur Afrikastate het dit gekelder. Die ernstigste terugslag was Mbeki se versuim om iets oor pres. Robert Mugabe se menseregtevergrype in Zimbabwe te sê. Nadat Mugabe in 2000 in ’n grondwet-referendum verslaan is, het hy die volgende verkiesing bekook en sy bullebakke op die opposisie losgelaat. Hy het die meeste wit plase gegryp, wat rampspoedige ekonomiese agteruitgang meegebring het. Mbeki het geswyg.
Mbeki het ook versuim om leierskap in die MIV/vigs-pandemie te gee (sien Die MIV/VIGS-krisis). Dit het sterk uitdagings deur die Treatment Action Campaign (TAC) ontlok, en oplaas is die staat gedwing om behandeling te verskaf. Zackie Achmat, die TAC se leier, het een van die helde van die eerste dekade van demokrasie geword (sien Zackie Achmat en die treatment action campaign). Boonop het die persepsie onder Mbeki se leierskap posgevat dat misdaad, en veral geweldsmisdaad, handuit geruk het en dat hy die omvang van die krisis nie wou besef nie.
